El proceso histórico que protagonizó el Comando en Jefe de las FF.AA., se inicia en las disposiciones dictadas por Simón Bolivar y Antonio José de Sucre, a las fuerzas militares del novel Estado boliviano, empleando los denominativos de Ministerio del Ejército, Sección de Estado Mayor y Jefatura de la Sección de Estado Mayor. Sin embargo, la creación de este organismo militar que resume el concepto de la unidad de mando en la Institución fundamental de la Patria, fue labor de grandes visionarios de nuestra historia, como el Mariscal de Zepita Andrés de Santa Cruz y Calahumana, que el 25 de mayo de 1829 creó el Estado Mayor General y fue denominado Comando en Jefe el 31 de enero de 1949 durante la Presidencia del Dr. Enrique Hertzog. El Dr. Víctor Paz Estensoro, reorganizó la institución militar el 24 de julio de 1953, estableciendo que el Comando en Jefe “sea el más alto organismo de mando y decisión de carácter técnico operativo y de permanente coordinación y dirección de las Fuerzas Armadas del Estado Plurinacional de Bolivia.